要避免在合法讨债时陷入诉讼时效纠纷，可以从以下几方面着手：

1. 明确债务的起算时间：

- 如果债务有明确的还款期限约定，那么诉讼时效从还款期限届满之日起计算。比如，借条上写明2024年10月1日还款，诉讼时效就从该日期的次日（2024年10月2日）开始起算3年。所以在签订借款合同、欠条等债权债务凭证时，一定要明确还款时间，以便准确确定诉讼时效的起算点。

- 若债务没有约定还款期限，则权利人可以随时要求债务人履行，但要给对方必要的准备时间。这种情况下，诉讼时效从债权人要求债务人履行义务的宽限期届满之日起计算，最长保护期限为20年。

2. 保留主张权利的证据：

- 书面证据：定期向债务人发送催款函、对账单等书面文件，并要求债务人签字、盖章确认。如果债务人拒绝签字，可以通过邮寄的方式发送，并保留邮寄凭证和函件内容的副本。例如，每半年或一年向债务人发送一次催款函，函件中明确提及债务的金额、发生时间、还款要求等信息。

- 电子证据：保存与债务人的聊天记录、电子邮件等电子通信证据，证明自己曾向债务人主张过权利。在沟通时，要注意明确债务的具体情况和还款要求，以便在发生纠纷时作为证据使用。

- 证人证言：如果有其他人知晓债务情况，并且能够证明债权人曾向债务人主张过权利，可以邀请他们作为证人。但证人证言的证明力相对较弱，最好与其他证据相互印证。

- 还款记录：如果债务人曾经有过部分还款行为，要保留好还款的凭证，如银行转账记录、现金收条等。还款记录可以证明债务人对债务的认可，并且会导致诉讼时效的中断，重新计算诉讼时效。

3. 及时采取法律行动：

- 申请支付令：如果债权债务关系明确、合法，债权人可以向法院申请支付令。法院受理申请后，会向债务人发出支付令，要求其在规定的期限内偿还债务。如果债务人在规定的期限内没有提出异议，支付令即发生法律效力，债权人可以依据支付令申请强制执行。申请支付令可以中断诉讼时效。

- 提起诉讼：如果通过协商、调解等方式无法解决债务纠纷，债权人应及时向有管辖权的法院提起诉讼。诉讼时效会从提交起诉状或者口头起诉之日起中断。在诉讼过程中，要按照法律规定的程序和要求进行，提供充分的证据支持自己的主张。

4. 让债务人重新确认债务：

- 与债务人协商，重新签订还款协议、欠条等文件，明确债务的金额、还款期限等内容。新的文件签订后，诉讼时效从新的还款期限届满之日起重新计算。例如，原本的欠条已经过了两年，但双方重新签订了一份还款协议，约定了新的还款时间，那么诉讼时效就从新的还款时间开始计算。

- 在债务人表示愿意还款时，要求其出具书面的还款承诺、备忘录等文件，确认债务的存在和还款的意愿。这些文件也可以作为诉讼时效中断的证据。